Poltekkes Kemenkes Medan terbentuk berawal dari sejarah berdirinya akademi-akademi kedinasan di bawah naungan Departemen Kesehatan Republik Indonesia (RI) yang beberapa kali mengalami perubahan kelembagaan. Pendirian Politeknik Kesehatan didasarkan pada PP No. 60 tahun 1999, selanjutnya terbit SK Menkes No. 298/SK/Menkes/2001 yang merupakan wujud kebijakan Pemerintah dalam meningkatkan efektifitas penggunaan sumber daya dan sumber dana yang tersedia yang bertujuan untuk efisiensi, maka dibentuklah Politeknik Kesehatan. Dengan tergabungnya akademi-akademi kesehatan menyatu menjadi Poltekkes maka aturan dan mekanisme kerja akademi berubah mengikuti struktur organisasi Poltekkes.

Tata laksana kerja Poltekkes pada awalnya mengacu pada SK Menkes No.298 tahun 2001 dan selanjutnya disempurnakan dengan SK Menkes No: OT.01.01.2.4.0375 tahun 2003. Tata laksana ini hanya menguraikan secara umum, oleh karena itu sangat diperlukan adanya pedoman yang secara operasional dapat dilaksanakan baik yang bersifat umum maupun yang bersifat khusus.

Sejak tahun 2009 berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan No.500/KMK.05/2009 Tentang Penetapan Politeknik Kesehatan Medan pada Departemen Kesehatan sebagai Instansi Pemerintah yang menerapkan pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum, maka pola pengelolaan keuangan mengacu pada keputusan tersebut. Dengan perubahan kebutuhan dan regulasi maka sejak tahun 2018 dengan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No.38 Tahun 2018 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Politeknik Kesehatan di Lingkungan Badan Pengembangan dan Pemberdayaan Sumber Daya Manusia Kesehatan Kementerian Kesehatan Poltekkes Kemenkes Medan menjadi salah satu Poltekkes Kelas 1 (satu), dengan demikian Poltekkes Kemenkes Medan mengalami perubahan tata Kelola.

Pada tahun 2018, ada 3 (tiga) Perguruan Tinggi Kesehatan Daerah (PT Kesda) yang bergabung ke Poltekkes Kemenkes Medan, yaitu:

1. Akademi Keperawatan Gunung Sitoli (berdasarkan Keputusan Menristekdikti RI No: 681/KPT/I/2018 tentang Izin Pembukaan Program Studi di Luar Kampus Utama yang diselenggarakan oleh Poltekkes Kemenkes Medan di Kota Gunung Sitoli).
2. Akademi Kebidanan Tapanuli Utara (berdasarkan Keputusan Menristekdikti RI No: 792/KPT/I/2018 tentang Izin Pembukaan Program Studi di Luar Kampus Utama yang Diselenggarakan oleh Poltekkes Kemenkes Medan di Kabupaten Tapanuli Utara).
3. Akademi Kebidanan Karo (berdasarkan Keputusan Menristekdikti RI No: 1235/KPT/I/2018 tentang Izin Pembukaan Program Studi di Luar Kampus Utama yang diselenggarakan oleh Poltekkes Kemenkes Medan di Kabupaten Karo).

Pada tahun 2019, ada dua Perguruan Tinggi Kesehatan Daerah (PT Kesda) bergabung ke Poltekkes Kemenkes Medan, yaitu:

1. Akademi Keperawatan Pemkab Tapanuli Tengah (berdasarkan Keputusan Menristekdikti RI No: 958/KPT/I/2019 tentang Izin Pembukaan Program Studi di Luar Kampus Utama yang diselenggarakan oleh Poltekkes Kemenkes Medan di Kabupaten Tapanuli Tengah).
2. Akademi Keperawatan Dairi (berdasarkan Keputusan Menristekdikti RI No: 957/KPT/I/2019 tentang Izin Pembukaan Program Studi di Luar Kampus Utama yang di selenggarakan oleh Poltekkes Kemenkes Medan di Kabupaten Dairi).